تم إنشاء هيئة المحاسبة والمراجعة للمؤسسات المالية الإسلامية، سابقاً هيئة المحاسبة المالية للمصارف والمؤسسات المالية الإسلامية،( الهيئة )  بموجب اتفاقية التأسيس الموقعة من عدد من المؤسسات المالية الإسلامية بتاريخ 1 صفر 1410هـ الموافق 26 فبراير 1990م في الجزائر. وقد تم تسجيل الهيئة في11 رمضان 1411هـ الموافق 27 مارس 1991م في دولة البحرين بصفتها هيئة عالمية ذات شخصية معنوية مستقلة لا تسعى إلى الربح.

وتهدف الهيئة إلى تطوير فكر المحاسبة والمراجعة للمؤسسات المالية الإسلامية، ونشر ذلك الفكر وتطبيقاته عن طريق التدريب وعقد الندوات وإصدار النشرات الدورية وإعداد الأبحاث وغير ذلك من الوسائل، وإعداد وإصدار وتفسير ومراجعة وتعديل معايير المحاسبة والمراجعة لتلك المؤسسات وذلك بما يتفق مع أحكام ومبادئ الشريعة الإسلامية التي هي التنظيم الشامل لجميع مناحي الحياة، وبما يلائم البيئة التي تنشأ فيها تلك المؤسسات، وينمي ثـقة مستخدمي القوائم المالية بالمعلومات التي تصدر عنها وتشجعهم على الاستثمار والإيداع لديها والاستفادة من خدماتها.

وقد سبق إنشاء الهيئة جهود تحضيرية كبيرة إداريا وفنياً، وكانت البداية ورقة العمل التي قدمها البنك الإسلامي للتنمية في الاجتماع السنوي لمحافظي البنك في اسطنبول في مارس 1987 ثم تكونت بعدئذ لجان عديدة للنظر في أفضل السبل لإعداد معايير محاسبة للمؤسسات المالية الإسلامية، وصدر عن تلك اللجان دراسات وتقارير

ومنذ بداية عملها في 1411هـ (1991م) وحتى عام 1415هـ (1995م) كان الهيكل التنظيمي للهيئة يتكون من : لجنة الإشراف وتتكون عضويتها من سبعة عشر عضواً، ومجلس معايير المحاسبة المالية وتتكون عضويته من واحد وعشرين عضواً، ولجنة تنفيذية تعين من بين أعضاء مجلس معايير المحاسبة المالية ، ولجنة شرعية من أربعة فقهاء.

وبعد مضي أربعة أعوام على عملها، قررت لجنة الإشراف تشكيل لجنة للتقويـم وذلك للنظر في النظام الأساسي للهيئة وهيكلها التنظيمي. وقد تم بموجب التعديلات التي أدخلت على النظام الأساسي والتي اعتمدتها لجنة الإشراف تغيير اسم الهيئة ليصبح" هيئة المحاسبة والمراجعة للمؤسسات المالية الإسلامية"، وتعديل هيكلها التنظيمي ليتمثل في: جمعية عمومية، ومجلس أمناء (بديلاً عن لجنة الإشراف)، ومجلس معايير المحاسبة والمراجعة بعد أن كان مقتصراً على المحاسبة وحدها، ولجنة تنفيذية، ولجنة شرعية، وأمانة عامة  يترأسها أمين عام.

كما شمل تعديل النظام الأساسي تغيير أسلوب تمويل الهيئة. ففي الماضي كان تمويل الهيئة يتم عن طريق مساهمات يدفعها الأعضاء المؤسسون (البنك الإسلامي للتنمية، مجموعة دار المال الإسلامي، شركة الراجحي المصرفية للاستثمار، مجموعة دله البركة، بيت التمويل الكويتي). وقد نص النظام الأساسي المعدل على إنشاء مال " وقف وصدقة " تساهم فيه المؤسسات الأعضاء في الهيئة بدفع رسم عضوية (مرة واحدة فقط)، ويتم تمويل نشاطات الهيئة من ريع هذا الوقف ورسم الاشتراك السنوي والمنح والتبرعات والوصايا وأية مصادر تمويل أخرى .

كما شمل تعديل النظام عضوية الهيئة التي أصبحت تتكون من :
•       الأعضاء المؤسسين
•       الأعضاء غير المؤسسين
•       الأعضاء المراقبــين

وفي عام 1419هـ = 1998م تم إدخال تعديلات على النظام الأساسي للهيئة. وشملت هذه التعديلات توسيع أهداف الهيئة. وقد نصت المادة الرابعة من النظام الأساسي المعدل على أن الهيئة تهدف في إطار أحكام الشريعة الإسلامية إلى :
(1)    تطوير فكر المحاسبة والمراجعة والمجالات المصرفية ذات العلاقة بأنشطة المؤسسات المالية الإسلامية.
(2)    نشر فكر المحاسبة والمراجعة المتعلقة بأنشطة المؤسسات المالية الإسلامية وتطبيقاته عن طريق التدريب وعقد الندوات وإصدار النشرات الدورية وإعداد الأبحاث والتقارير وغير ذلك من الوسائل.
(3)    إعداد وإصدار معايير المحاسبة والمراجعة للمؤسسات المالية الإسلامية وتفسيرها للتوفيق ما بين الممارسات المحاسبية التي تتبعها المؤسسات المالية الإسلامية في إعداد قوائمها المالية وكذلك التوفيق بين إجراءات المراجعة التي تتبع في مراجعة القوائم المالية التي تعدها المؤسسات المالية الإسلامية.
(4)    مراجعة وتعديل معايير المحاسبة والمراجعة للمؤسسات المالية الإسلامية لتواكب التطور في أنشطة المؤسسات المالية الإسلامية والتطور في فكر وتطبيقات المحاسبة والمراجعة.
(5)    إعداد وإصدار ومراجعة وتعديل البيانات والإرشادات الخاصة بأنشطة المؤسسات المالية الإسلامية فيما يتعلق بالممارسات المصرفية والاستثمارية وأعمال التأمين .
(6)    السعي لاستخدام وتطبيق معايير المحاسبة والمراجعة والبيانات والإرشادات المتعلقة بالممارسات المصرفية والاستثمارية وأعمال التأمين، التي تصدرها الهيئة، من قبل كل مـن الجهات الرقابية ذات الصلة والمؤسسات المالية الإسلامية وغيرها ممن يباشر نشاطا ماليا إسلاميا ومكاتب المحاسبة والمراجعة.

كما شملت التعديلات التي ادخلـت على النظــام الأساسي تسمية الأعضاء غير المؤسسين "أعضاء مشاركين". وقد نصت المادة الثالثة من النظام المعدل على أن الأعضاء المشاركين يتكونون من الفئات التالية :
( أ )      المؤسسات المالية الإسلامية التي تعمل وفقا لأحكام الشريعة الإسلامية ومبادئها في جميع أنشطتها.
( ب )    الهيئات الرقابية والإشرافية التي تشرف على مؤسسات مالية إسلامية وتشمل البنوك المركزية ومؤسسات النقد وما في حكمها.
( ج )    المجامع والهيئات الفقهية الإسلامية ذات الشخصية المعنوية.

وأن الأعضاء المراقبين يتكونون من الفئات التالية :
( أ )       الهيئات والجمعيات المسئولة عن تنظيم مهنة المحاسبة والمراجعة و/ أو عن إعداد معايير المحاسبة والمراجعة.
( ب )      مكاتب وشركات المحاسبة والمراجعة القانونية الممارسة ذات الاهتمام بأعمال المحاسبة والمراجعة للمؤسسات المالية الإسلامية.
( ج )      المؤسسات المالية التي تمارس أنشطة مالية إسلامية ضمن نشاطاتها الأخرى.
( د )       مستخدمي القوائم المالية للمؤسسات المالية الإسلامية سواءً كانوا أفرادا أم هيئات.

وقد نصت المادة الثامنة من النظام الأساسي المعدل على أن يتعهد العضو بتسديد رسم العضوية، ورسم الاشتراك السنوي والالتزام بنظام الهيئة ولوائحها.

كما شملت التعديلات في النظام الأساسي انشاء مجلس شرعي بدلا عن اللجنة الشرعية وسيرد عنه تفاصيل في الهيكل التنظيمي أدناه.

وقد وسعت الهيئة عضويتها لتشمل الأعضاء المؤازرين الذين يتكونون من كافة المؤسسات المالية التى ترى لها مصلحة بالتعاون مع المؤسسات المالية الإسلامية، ومنتجاتها، ومع هيئة المحاسبة والمراجعة للمؤسسات المالية الإسلامية.

كما تمنح الهيئة الإجازة والشهادات المهنية في مجالات المحاسبة ومعاييرها والمراجعة والتحليل المالي والصيرفة الإسلامية للأفراد والمؤسسات بالإضافة إلى شهادات التدقيق والرقابة الشرعية. وتقوم الهيئة بنفسها أو بالاشتراك مع جهات أخرى تحددها بعمليات التدريب والتأهيل والمنح.